گاهی بررسی ممیزین مالیاتی منجر به رد دفاتر قانونی و اسناد و مداک مرتبط به آن شده و شرکت علی الراس میشود و یا اینکه مشکلات دیگر مالیاتی در خصوص ارزش افزوده ، مالیاتی تکلیفی و غیره برای شرکت به وجود می اید که صاحبان آن بنگاهها مجبور میشوند برای احقاق حق خود را مراجع قانونی و ذیصلاح مراجعه کرده و نسبت به حکم صادر شده اعتراض نمایند .
اینکه در چه زمانی و با چه شرایطی این اعتراض و شکایت باید انجام شود نیازمند اطلاعات مالی و حقوقی کافی در این خصوص است . ارگان های پاسخگو به این شکایت ها هم باید توسط مودی شناخته شده و برای جلوگیری از اتلاف وقت و هزینه های اضافی فقط به انها مراجعه نمایند . به طور کلی اگر مودیان به برگه تشخیص مالیات معترض باشند می توانند ظرف مدت سی روز از تاریخ ابلاغ ان جهت ثبت اعتراض و شکایت به سازمان امور مالیاتی مراجعه نمایند
برای این کار به قسمت مورد نظر در سازمان رفته و به صورت کتبی اعتراض خود را ثبت می نمایند این اعتراض به معنی بررسی مجدد اسناد و مدارک مالی می باشد و مسئول مربوطه هم در سازمان امور مالیاتی موظف است تا حداکثر سی روز از تاریخ ثبت شکایت بررسی مجدد را انجام دهد نتیجه این بررسی می تواند رد شکایت مودی بوده یعنی برگه تشخیص ارسال شده بر اساس اسناد و مدارک مالی درست تشخیص داده شود و یا اینکه شکایت مودی مورد قبول قرار گرفته و برگه جدید تشخیص مالیات صادر گردد که برگه جدید هم باید رسما به دست مودی رسیده و به امضا طرفین برسد .
اگر پس از رسیدگی مجدد اسناد مالی برگه تشخیص قبلی مورد قبول قرار نگرفت مودی می تواند درخواست رسیدگی از مقامات بالاتر سازمان امور مالیاتی را نماید و این اتفاق تا سطح مدیرکل سازمان می تواند رخ دهد . این روند به این دلیل انجام میشود که از ارجاع پرونده به مراجع قضایی و اتلاف وقت و هزینه برای سازمان و مودی جلوگیری نماید و فقط در صورت شکایت مجدد مودی از حکم صادره مدیر کل سازمان ، پرونده به مراجع قضایی ارجاع داده شود .
در این حالت حکم صادر شده توسط سازمان امور مالیاتی به رویت و امضاء مودی رسیده و پرونده به مراجع حل اختلاف فرستاده میشود البته اگر برگه تشخیص مالیات صادر شده از طرف سازمان امور مالیاتی به دلیل عدم حضور مودی یا وکیل قانونی یا بستگانش به دست وی نرسد هم سازمان می تواند پرونده را به مراجع حل اختلاف ارجاع دهد .