فلسفه شکل گیری هیئت هل اختلاف مالیاتی حل و فصل کردن دعاوی مالی و مالیاتی و جلوگیری از تضیع حقوق طرفین می باشد اما در نگاه دقیقتر می توان برخی از اهداف این تشکل قانونی را این چنین برشمرد :
- در درجه اول هدف از شکل گیری این هیئت رسیدگی به اختلافات مالیاتی بین سازمان مربوط و مودیان است که البته حجم وسیعی از پرونده های ارسالی به آنها را هم تشکیل می دهد .
- گاهی ممیزین مالیاتی با بررسی های ناقص و یا عمدی اطلاعات مالی شرکت ها باعث ظلم و تضیع حقوق مودیان میشوند هیئت حل اختلاف این عدم رعایت قانون و ظلم به مودی را بررسی کرده و در جهت رفع آن تلاش می کند .
- دولت به عنوان متولی در رفاه و گسترش زیرساخت های کشور و برقراری عدالت اجتماعی نیازمند دریافت مالیات می باشد گاهی مودیان از شگرد های مختلف برای عدم پرداخت مالیات استفاده کرده و در جهت تضیع حقوق دولت گام برمیدارند که هیئت حل اختلاف با بررسی و پیگیری های تخصصی مانع این امر میشود .
- رفع و رجوع هر چه سریعتر اختلافات مالیاتی باعث پرداخت به موقع مبالغ آن شده و از ضرر زیان ناشی از دیرکرد پرداخت جلوگیری می کند .