در این روش تفریقی غیر مستقیم، مالیات بر ارزش افزوده پرداختی روی خرید، اعتبار مالیاتی بنگاه محسوب می شود. به عبارت دیگر، از مالیاتی که بابت فروش کالا یا خدمات اخذ می شود، می توان مالیات بر ارزش افزوده پرداختی جهت خرید کالا یا خدمات مربوط به فعالیت اقتصاد را شناسایی و کسر کرد. بنابراین فردی (حقیقی یا حقوقی) که مشمول مالیات بر ارزش افزوده است، می تواند در اظهارنامه الکترونیکی ارزش افزوده خود، کسوراتی را منظور کند.
توجه داشته باشد که VAT پرداختی برای خریدها، قابل احتساب به عنوان اعتبار مالیاتی بوده و اعتبار اقلام کالاهای مفقود با منهدم شده یا به زبان فروخته شده، اگر احراز شود، قابل اعمال است.
مثلا یک تولید کننده دستمال کاغذی، وظیفه دارد که طبق قانون، روی کلیه نهاده های تولید دستمال کاغذی از حقوق و دستمزد پرسنل گرفته تا خرید تجهیزات و لوازم مصرفی و کاغذ و امثالهم که روی عوامل تولید تاثیر مستقیم یا غیر مستقیم دارد، به نرخ تعیین شده، مالیات بر ارزش افزوده را پرداخت کرده و در هنگام فروش دستمال کاغذی، مکلف است به نرخ مالیات بر ارزش افزوده، VAT را از خریدار دریافت کند. حال پس از کسر مالیات بر ارزش افزوده پرداختی یا دریافتی، ما به التفاوت را در قالب دوره های فصلی در گزارشات خود، تسلیم و به حساب های اعلامی سازمان امور مالیاتی واریز کند.
اگر مالیات پرداختی بیش از مقدار تکلیفی باشد، یا از حساب های دوره بعدی از او کسر می شود و وی بستانکار می شود و یا در صورت درخواست کتبی، به حساب اعلامی وی مبلغ مورد نظر استرداد می شود. تهاتر و استرداد، دو گزینه برای اضافه پرداختی های مالیاتی می باشد.